质谱仪和是两种对样品进行分离的仪器。质谱仪是分离和检测不同同位素的仪器，简单的来水就是定量、定性，可以推测物质的组成。它根据分辨本领可以分中分辨和低分辨质谱仪。色谱仪则是为进行色谱分离分析用的装置，它是定量，可以分辨样品中的不同物质。它可以分为气相色谱仪、液相色谱仪和凝胶色谱仪这三种。 
质谱仪和色谱仪各自的优点

质谱仪和色谱仪它们分辨的成分不一样，各自会有各自的优点。就拿质谱仪来说，它是唯一可以确定分子量的一种仪器，适用于生物大分子，也就是分子量非常大的那种，它具有非常高的灵敏度。色谱仪它的灵敏度也比较高，尤其是相对于光谱仪来说，灵敏度高很多。它的分离效率非常的高，几十几百种化学物品都可以得到快速的分离，这是很多其他仪器所不具备的。 
质谱仪和色谱仪的联用 

质谱仪用于物质定型鉴定，色谱仪定型功能则差一些。色谱仪价格比质谱仪价格低得多，适用范围非常广。色谱仪的检测灵敏度要比质谱仪的灵敏度低。质谱仪和色谱仪都有各自的优缺点，为了能够最大限度的发挥每种分析仪器的最大优势，可以将两种或者几种仪器进行联用，这样可以克服单独仪器使用时候的缺陷，这是分析仪器发展的一种趋势。 
质谱仪和色谱仪的选择 

目前整个市场上，生产质谱仪和的厂家并不少，在选择仪器的时候一定要看一下仪器的本身操作的难易程度，太复杂的操作，需要消耗大量的培训和人力成本，尽量选择操作性强，品牌后期服务比较好的设备，以便提高分离样品的效率。